Die Doktorarbeit von Mathiopoulos zum Thema "Amerika: das Experiment des Fortschritts. Ein Vergleich des politischen Denkens in Europa und in den USA" war der Uni zufolge bereits Anfang der 90er Jahre in die Kritik geraten. Eine stichprobenartige Überprüfung der 1991 eingesetzten Kommission der Fakultät hatte demnach zwar schwerwiegende handwerklich-methodische Mängel offenbart, aber keinen Täuschungsvorsatz festgestellt. Daher wurde der Doktortitel damals nicht aberkannt.
Der Promotionsausschuss der Philosophischen Fakultät stellte aber nunmehr fest, dass die Entscheidung von 1991 aus heutiger Sicht objektiv rechtswidrig war und daher aufgehoben werden konnte. Die neue Überprüfung war durch Vorwürfe der Internetplattform VroniPlag ins Rollen gekommen. Laut Uni Bonn fanden sich in der Arbeit über 320 Stellen, in denen die Originalquelle systematisch nicht ordnungsgemäß zitiert wurde.
Teilweise seien längere Passagen anderer Quellen mit nur geringen Abänderungen wörtlich abgeschrieben worden. Teilweise wurde demnach die Übernahme fremder Texte zusätzlich durch eine irreführende Zitierweise verschleiert. "Auf Grund der systematischen und breit angelegten Vorgehensweise steht aus der Sicht der entscheidenden Gremien fest, dass es sich nicht um bloße Versehen, sondern um vorsätzliche Täuschungen über die wissenschaftliche Urheberschaft handelt", teilte die Universität mit.
Mathiopoulos war 1987 bundesweit bekannt geworden, als der damalige SPD-Vorsitzende Willy Brandt die seinerzeit parteilose Politikwissenschaftlerin zur SPD-Sprecherin machen wollte. Nach heftiger innerparteilicher Kritik an der Nominierung von Mathiopoulos trat Brandt vom SPD-Vorsitz zurück.
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