Während und nach der Epidemie war heftige Kritik am Krisenmanagement des Staates laut geworden. Bundesverbraucherministerin Ilse Aigner (CSU) und das Gesundheitsministerium versprachen Besserung. Der Bundesrechnungshof kritisierte im November, mehr als 400 verschiedene Behörden seien in Deutschland für die Überwachung von Lebens- und Futtermitteln zuständig. Notfallpläne der Länder bestünden nebeneinander, eine verbindliche Zusammenarbeit sei nicht vorgesehen.
Bund und Länder wollen laut Verbraucherministerium daher einen jederzeit einsatzbereiten Krisenstab beschließen, wie er während der EHEC-Epidemie aus Not eingerichtet worden war. Die Vereinbarung könne im September bei der Verbraucherschutzministerkonferenz in Hamburg unterzeichnet werden, erklärte das Ministerium. Der Krisenstab mit Experten der Länder, von Bund und EU sei erfolgreich gewesen; er habe beim Aufspüren der EHEC-Ursache wie eine Sonderkommission der Polizei gearbeitet.
Mit den Ländern sollen auch klarere Regeln für die Kommunikation in Krisenfällen vereinbart werden, sagte der Leiter des damaligen Krisenstabes, Bernhard Kühnle vom Verbraucherministerium in Berlin. Dies bedeute aber auch "Selbstbeschränkungen" auf Seiten der Länder. Doch "erfolgversprechender" als Änderungen in der föderalen Struktur sei nach Ansicht des Ministeriums die konstruktive Zusammenarbeit mit den Ländern.
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